A Fundação Universidade de Cruz Alta, mantenedora da Unicruz, é uma Instituição de direito privado e de caráter comunitário. Foi criada pelo decreto n° 97.000 de 21 de outubro de 1988.
São órgãos da administração da Fundação:
Conselho Curador: compete estabelecer as diretrizes e as metas na Instituição, assim como fiscalizar a sua execução. Composição:
- Reitor – Fábio Dal-Soto;
- Pró-Reitor de Graduação – Regis Augusto Norbert Deuschle;
- Pró-Reitora de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão – Janaina Coser;
- Pró-Reitor de Administração – José Ricardo Libardoni dos Santos;
- Representante do Corpo Docente – Dinara Hansen Costa, José Luiz Tragnago, Luís Gustavo Durigon e Vanessa Steigleder Neubauer.;
- Representantes do Corpo Técnico-Administrativo – Giuliano Américo de Oliveira Martinello, Marcio Dilson Techio e Marcelo Silveira Santos;
- Representante do Diretório Central de Estudantes – n/d ;
- Representante dos Diretórios Acadêmicos – n/d ;
- Representante da Prefeitura Municipal de Cruz Alta – Elizabeth Fontoura Dorneles;
- Representante da Câmara Municipal de Cruz Alta – Everlei Rangel Martins;
- Representante do COREDE – Alto Jacuí – Ederson Barbosa da Silva;
- Representante do CORECON/RS – Enedina Maria Teixeira da Silva;
- Representante da OAB/RS Subseção de Cruz Alta – Sergio Cardoso da Silva;
- Representante da 9ª Coordenadoria Regional de Educação – Pedro Gelson Machado Salles;
- Representante da ACI Cruz Alta – Darci Martins;
- Representante da CDL Cruz Alta – Mário André Duarte Gularte;
- Representante do Sindicato Rural de Cruz Alta – Roberto Paglioli Ferreira;
- Representante da FUNDACEP/CCGL – Airton Donatti;
- Representante da SEARCA – Sociedade dos Engenheiros Agrônomos da Região de Cruz Alta – Carlos Mostardeiro da Silva;
- Representante da COTRICRUZ – Euzébio Lemes Gonçalves;
- Representante do Sindicato dos Comerciários de Cruz Alta – Andressa da Silveira Moura;
Conselho Diretor: mandato 2020/2022:
- Presidente – Luísa Cristina Carpovinski Pieniz;
- Conselheiro Vice-Presidente – Rafael Vieira de Mello Lopes;
- Conselheiro Titular – Marco Heliton Bittencourt;
- Primeira Suplente – Cristina Krauspenhar Rossato;
- Segunda Suplente – Raquel Buzatti Souto;
Conselho Fiscal: mandato 2018/2020:
- Conselheiros:Titulares
- :
- Jaqueline Amaral Santiago;
- João Pedro Santos de Brito e Marcelo Gonçalves de Castro;
Suplente
- :
- Maria Gilca Machado;
Diretoria Executiva:
- Gerente Financeiro – Alice Gerhardt Schmidt;
- Gerente de Controladoria – Eduardo Muller Reck;
- Secretário-Geral – Sadi Herrmann;
Universidade:
Reitoria: Gestão 2020/2022
- Reitor – Fábio Dal-Soto;
- Pró-Reitor de Graduação – Regis Augusto Norbert Deuschle;
- Pró-Reitora de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão – Janaina Coser;
- Pró-Reitor de Administração – José Ricardo Libardoni dos Santos;
Diretores de Centros de Ensino:
- Centro de Ciências Humanas e Sociais – Jaciara Treter Sippert;
- Centro de Ciências da Saúde e Agrárias – Leandro de Moraes Kohl;